感染性疾病科是苍南县临床医学特色学科，拥有床位56张，主任医师3人，副主任医师3人，主治医师4人，住院医师1人，护理人员17名，设有感染病负压病房，配备监护仪、空气消毒机等医疗设备。主要接诊感染性发热，感染性腹泻，各种急慢性病毒性肝炎，脂肪肝，肝脓肿，颅内感染，肺结核，艾滋病等各类感染性疾病，承担苍南全县公共卫生及传染病防治工作，是苍南县唯一具备接诊有关感染性疾病的诊疗、预防、教学的专科。